半夜起来小便痛，如果是尿道痛，一般和尿道炎症或者尿道结石影响尿道黏膜正常收缩有关，会伴随明显的尿分叉和尿道异物感、肿胀感，需要做尿常规检查和尿道超声检查。明确如果是膀胱疼痛，通常和膀胱炎、膀胱结石影响膀胱黏膜，和膀胱平滑肌正常收缩有关，会伴随尿频症状，需要做膀胱超声检查确诊。存在该症状后，要清淡饮食，保持尿路通畅。同时要避免同房，否则容易导致交叉感染，引起性伴侣患有尿路系统炎症。其次要避免手淫，否则会加重上述疾病引起的尿道肿胀感。