黑咖啡对益生菌没有破坏作用，吃完益生菌可以喝黑咖啡。与其他咖啡相比，黑咖啡中没有加入糖和植脂末等物质，不仅热量相对比较低，还可以促进脂肪代谢。研究显示经常喝黑咖啡能够保护肝脏，并且可以降低心脑血管疾病的发病率。而益生菌是对人体健康有益的细菌，主要存在肠道中，适当补充益生菌可以调节肠道菌群结构，对于腹泻和便秘的缓解均有一定作用。抗生素在杀灭致病菌的同时会杀死益生菌，所以两者的使用需要间隔两个小时。