造成胆管结石的原因有很多，最常见是感染，包括消化道感染、肝脓肿和胰腺炎等。部分胆管结石可继发于胆囊结石，除此之外，个别地区和种族的居民、女性激素、肥胖、妊娠、高脂肪饮食、长期肠外营养、糖尿病、高脂血症、胃切除或胃肠吻合手术后、回肠末段疾病和回肠切除术后、肝硬化、溶血性贫血等因素都可引起胆囊结石。临床上大部分手术是绝大部分结石的根治性治疗手段，通过积极有效的治疗后，绝大部分患者都可以痊愈。但自身代谢病引起的结石，即使手术治疗后复发的几率也很高。