耳朵流黄水一般是不会自愈的。引起耳朵流黄水有多方面的原因，比较常见的是外耳道湿疹、急慢性中耳炎等。外耳道湿疹通常会表现为外耳道发痒，排出淡黄色的分泌物，需要抗过敏及局部应用湿疹膏等治疗，症状能得到缓解。急慢性中耳炎属于炎症感染，若分泌物不容易流出，堆积在耳内，会造成感染进一步加重，这种情况也是不能自愈的，需要应用双氧水清理干净脓液，局部应用抗生素滴耳液，结合口服抗生素促进炎症消退才能治愈。总而言之，耳朵流黄水是不会自愈的，需要给予规范的干预治疗，才可以治愈。