黄连素是重要的生物碱，黄连素的主要成份是小檗碱，这种药物在临床应用比较广泛，副作用相对比较少一些，但是也不是没有，经常出现的主要副作用是胃酸过多，也就是中医所说的苦败胃；比较常见的副作用是便秘；在大量使用黄连素以后，患者偶尔可以出现有恶心，呕吐，皮疹，发热，严重的患者甚至可能引起横纹肌溶解以及乳酸中毒症等病情的发生。如果在服用黄连素的同时还可以引起维生素b族的吸收障碍，所以患者可以出现有周围神经炎的病情发生，需要患者在服用药物时加以注意，一旦出现有副作用的病情发作，需要及时进行诊治。