黄连素是一种重要的生物碱，可从黄连、黄柏、三颗针等植物中提取，它具有显著的抑菌作用，临床常用的盐酸黄连素又叫盐酸小檗碱，成人一次1-3片，一日3次，儿童服用则需根据体重遵从医嘱，黄连素能对抗病原微生物，对多种细菌如痢疾杆菌、结核杆菌、肺炎球菌、伤寒杆菌及白喉杆菌等都有较好的抑制作用，其中对痢疾杆菌作用最强，常用来治疗细菌性胃肠炎、痢疾等消化道疾病。临床主要用于治疗细菌性痢疾和肠胃炎，副作用较小，偶有恶心、呕吐、皮疹和药物性发热等。妊娠期前3个月禁止使用黄连素，而且黄连素不能与含有鞣质的中药和食物使用，因为鞣质是生物碱的沉淀剂，二者结合后，生成难溶性鞣酸盐沉淀，降低药物的疗效。