芦荟胶囊的副作用相对不大，因为其主要成分是从天然芦荟中萃取，并添加辅料而成。本品的药性甘寒，所以可清肝泻火，也能润肠通便。而对于有些患者，服用本药物后，由于不耐受原因，可出现消化不良、腹痛、腹胀或腹泻等副作用。而且由于芦荟中含有的植物铁等元素丰富，如果过量或者长期服用芦荟胶囊，会加重肾脏负担。另外，芦荟胶囊不适合儿童、孕妇以及哺乳期女性服用。如果常有腹泻、腹胀、便溏等这类情况的患者，也不能服用本品。