男生小便的时候尿道刺痛很可能是前列腺炎、龟头炎、输尿管结石等因素所引起。1.前列腺炎。前列腺炎主要是无菌性炎症感染所引起，可能会导致尿道口呈现充血、红肿的状态，排小便时会引起尿道有刺痛感。2.龟头炎。龟头炎主要是龟头部位受到炎症的感染，会对龟头的组织带来一定的刺激，引起排尿时疼痛感。3.输尿管结石。输尿管结石可能会导致排尿的过程当中产生尿路梗阻，引起排尿困难，排尿疼痛。尿道刺痛应尽快到医疗机构泌尿科，通过做尿液常规以及泌尿系统超声检查，根据发病的原因选择合适的方式治疗。