男性小便的时候肚子疼痛首先应该检查清楚是什么原因导致的疼痛，然后根据情况进行治疗。男性小便的时候肚子疼痛有可能是由泌尿系统的结石、肿瘤、炎症等导致。也有可能是腹壁的神经肌肉痛，在排尿的时候腹部肌肉用力就会诱发疼痛。这种情况首先应该做一下尿常规检查，看看尿常规中有没有白细胞超标，如果有白细胞超标就说明有泌尿系统的炎症，就需要使用抗生素抗菌消炎治疗。如果泌尿系统内有结石，可以通过药物排石或者体外碎石手术等方法。