尿是咖啡色可能是肾功能下降、泌尿系统黏膜受损等原因有关。肾脏方面的疾病，比如肾小球肾炎、肾病综合征、糖尿病肾病综合征，会影响肾脏功能，无法正常过滤尿液，胆红素、尿素进入到尿液中，引起尿液是咖啡颜色，特别是早上起床排尿时会更明显。泌尿系统黏膜受损，比如尿路结石划破泌尿道黏膜，致病菌对泌尿道黏膜造成侵蚀，引起炎症反应，导致糜烂，渗出血液，与尿液混合，引起排出咖啡色的小便。建议前往泌尿外科做泌尿系统B超、尿常规等检查，明确其病因，给予治疗。