女性小便的时候尿道刺痛，可能原因：1.尿道炎。发生炎症时，尿道黏膜充血、水肿，伴有轻微糜烂，这时在排尿的过程中，尿液刺激相关病变的黏膜就会产生疼痛感。这是女性比较常见的症状，建议到医院进行尿液化验检查，明确有无感染存在。2.妇科一些炎症。妇科炎症可能累及尿道而同时产生炎症，这时就可以出现妇科分泌物增多，出血增多，伴有排尿时刺痛症状。需要进行尿常规化验检查和妇科检查，同时用药处理。3.可能存在尿道结石、尿道肉阜。这时可能会引起排尿时疼痛，同时可能会伴有排尿不畅、排尿分叉、排尿费力或者出现排尿出血的现象。需要进行B超、尿道镜等检查，进一步明确原因。