女性小便的时候尿道疼痛，可以使用相应的抗生素抗菌、消炎治疗，同时要注意多喝水、多排尿以及定期清洗会阴部。女性小便的时候尿道疼痛是尿道炎的表现，尿道炎一般是由细菌逆行性感染导致。引起尿道炎的原因，有可能是平时喝水少导致上火，有细菌逆行性感染，也可能是不洁性行为等导致。所以这种情况应该做尿常规等相关检查，看看具体的炎症类型以及炎症的轻重程度，然后根据情况选择合适的抗生素消炎治疗，同时要注意多喝水、多排尿以及多清洗会阴部等。