葡萄球菌感染最准确的检测方法是进行病原学检查。一般感染性休克、菌血症的患者可以取血样进行细菌培养，而呼吸道感染患者用于细菌培养的样本最常用痰液，尿路感染患者取尿液为样本，而消化系统感染的患者则使用粪便。如果怀疑葡萄球菌感染引起的脑膜炎、胸膜炎、腹膜炎等疾病则需要做创伤性检查，取脑脊液、胸腔积液、腹腔积液为标本进行细菌培养。如果是皮肤的疖、痈等，可以考虑切开或穿刺抽取其脓液进行检查。除了病原学检查外，葡萄球菌感染患者往往有高热、寒颤、血液中白细胞增高等表现。