艾滋病患者的角膜、玻璃体和视网膜内均有HIV病毒存在，但仅在视网膜可引起病变，主要表现为视网膜棉絮斑，此是由于缺血所致，由于缺血的原因可能与病毒直接感染视网膜血管内皮细胞，或免疫复合物的沉积有关。另外由于患者免疫缺陷，导致各种机会性感染发生。比如卡氏性肺囊肿、水痘-带状疱疹病毒感染、非感染性微血管病变以及AIDS患者的肿瘤，比如卡波西肉瘤累及眼附属器病变、神经眼科病变等都可以引起眼部相应的病理改变。