碎石后小便刺痛的原因如下：1.在碎石以后，结石会随同尿液向体外排出，在排出的过程当中可能会对输尿管壁或者是尿路黏膜、膀胱黏膜等造成损伤，就会引起小便刺痛的症状，一般还伴有明显的血尿。2.如果进行碎石后，碎石效果不佳，可能会导致结石仍然无法排出，会卡在输尿管或者是尿道部位，就可引起小便刺痛，并且疼痛比较剧烈，应当再次进行碎石处理，在必要时还应进行手术取石。3.如果结石合并有尿路感染疾病，在结石排出后，仍然会存在小便刺痛的症状，一般还伴有尿频、尿急等症状。