小便刺疼最为常见的原因可能为泌尿道感染。当泌尿道受到细菌、病毒、真菌等病原菌感染后，会造成泌尿道黏膜充血、水肿，甚至还可造成泌尿道黏膜糜烂。在排尿时尿液会对水肿、糜烂的泌尿道黏膜产生挤压、刺激，进而引起小便刺痛。也可能为泌尿道息肉、结石或肿瘤等疾病所引起。主要是由于结石、息肉或肿瘤对尿道造成堵塞，在排尿时会产生较大的阻力，进而对泌尿道黏膜产生刺激，也会引起小便刺痛感。此外，还可能为淋病所致。该病主要为淋球菌感染所致，患者可出现泌尿道黏膜糜烂，并伴有脓性分泌物由尿道口流出，也会造成小便刺痛。