小便的时候有腹痛，可能的原因有：1.泌尿系感染。尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎等都可以出现排尿时的腹痛，同时还可能伴有尿频、尿急等泌尿系刺激症状。严重的可能有血尿和发热。可以做尿常规、尿培养来确诊。2.泌尿系结石。泌尿系结石可以有排尿时的疼痛，有的可以伴有血尿，可以做泌尿系彩超检查确诊。3.泌尿系肿瘤如膀胱癌等。有血尿的同时可能还会有排尿时腹痛，可以做泌尿系彩超、膀胱镜等检查来确诊。当出现排尿时的腹痛，特别是伴有血尿、发热、消瘦的病人，应该及时到医院进行相关检查来明确病因。