小便呈咖啡色的原因主要有以下几个方面：1.患者平时喝水比较少，外周血循环的负荷量比较小，或者患者平时出汗比较多，肾脏产生的尿液比较少，尿液浓缩引起颜色变深呈现为咖啡色。2.患者存在相关疾病引起血尿，比如泌尿系统炎症、结石、肿瘤等。尿液中存在红细胞的时候，可以表现为颜色是咖啡色。3.患者使用某些特殊的药物或者食物，如红心火龙果等。这些物质中存在红色的色素，随着尿液排出体外的时候，可以使小便呈咖啡色。