小便时尿道管疼痛的原因如下：1.急性尿道炎。炎症导致尿道黏膜充血、水肿、糜烂，这时尿液刺激就可以产生有疼痛感。需要进行尿常规化验检查，比较严重的可伴有尿道分泌增多。比如由尿道口排出白色或黄色的稀薄分泌物。2.尿道结石。绝大多数患者都有肾结石或输尿管结石进入膀胱后排入尿道所致，可以产生明显的尿道刺痛感，伴有排尿不畅，甚至可能伴有尿道口滴血的现象。一般可能会伴有腰痛或腹痛的病史，需要进行B超或尿道镜检查等进一步明确。3.一些性传播疾病。比如淋病、非淋球菌性尿道炎，绝大多数是由于高危性行为而导致相关的病原菌感染。这时需要进行性病的相关筛查，一般都会有不洁的性接触史，常发生在1个月之内。