小便时出现肚脐眼疼痛的症状，可能是由于患者患有泌尿生殖系统器官炎症性疾病，所引起的放射性疼痛。也可能是有脐尿管，也可能是存在肠道功能紊乱而出现的肠蠕动增加所致。需要结合患者具体情况和相关检查结果以明确诊断，并予以针对性的治疗。如尿常规、前列腺液常规及泌尿生殖系统彩超等检查提示存在细菌感染，并且伴有尿频、尿急尿痛的症状，则考虑为泌尿生殖器官炎症所引起的，如急性膀胱炎、急性前列腺炎等。此时需要针对具体病菌予以敏感抗生素积极抗炎治疗，并需要增加每日饮水量。如相关检查无明显异常，但肠鸣音活跃或有腹泻，则考虑为肠道痉挛所致，需要调节肠道功能至正常。必要时予以消炎、解痉治疗，建议及时就医，避免延误病情。