小便时龟头刺痛多见于泌尿系感染，其次考虑是否有性传播疾病。如果患者近期喝水比较少，更换内裤不及时，还有包皮过长或者包茎问题等，导致残留的污垢长时间刺激会引起细菌感染。需要到医院做体格检查，化验尿常规以及细菌培养，根据具体的情况进行用药治疗。对于有严重包皮过长、包茎的要尽早手术切除，轻者注意卫生一般没有什么大问题。对于有性传播疾病，可能会有淋球菌感染，需要针对性使用药物治疗。