小便时尿道疼痛，可能为以下原因所引起：1.泌尿系统感染疾病。比如尿道炎，主要为不洁的性生活所引起，会对尿道造成严重的刺激，就会引起排尿疼痛、尿道烧灼感等症状。在确诊以后，主要是选用敏感抗生素类药物，进行针对性治疗。2.尿道结石。结石可能会卡在尿道狭窄部位，在排尿时由于尿液会冲击结石，结石就会对尿道黏膜造成损伤，从而引起剧烈的疼痛。通常还伴有排尿困难、尿线变细等症状。3.尿液浓缩。如果饮水量过少、体液流出较多，会引起比较严重的尿液浓缩，在排尿时也可引起轻度的疼痛。