小便时尿道痛还流脓，需要警惕是否存在淋球菌感染。淋球菌感染也就是淋病，典型的临床症状就是尿道的刺激性疼痛，伴有尿道口流脓现象。可以将脓性分泌物进行涂片检查，只要存在淋球菌诊断就是明确的。淋病患者需要多饮水、多排尿，进行抗菌消炎治疗。在治愈之前不能够同房，以免引起传染。除此之外，还有可能是普通的细菌感染，以及泌尿系统结石等疾病造成的，需要到医院完善检查，如尿常规、彩超、CT等判断病情，进行针对性处理。