小便时阴茎里面痛主要考虑尿道结石、尿道炎、前列腺炎等引起的。1.尿道结石。尿道结石的形成主要与个人生活环境、个体因素及遗传有关，因为尿道中存在结石体位改变时会引起尿道堵塞，导致排尿不畅甚至排尿突然中断，因结石存在产生摩擦引起疼痛。2.尿道炎。通常由尿道损伤或者尿道异物导致尿路黏膜受损，从而导致细菌入侵上皮细胞而导致感染。症状主要包括尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，还可以伴有血尿，尿道口还可有分泌物等。3.前列腺炎。前列腺炎通常是细菌入侵前列腺导致，泌尿系症状主要包括尿频、尿急、尿痛，排尿时有烧灼感，以及排尿困难，全身症状包括寒战、发烧、腰部、盆腔和生殖器疼痛等。