小便时出现阴茎部位疼痛，可能存在以下几个原因：最常见的原因就是泌尿道感染，这种病因导致的阴茎疼痛，往往会伴有尿频、尿急等其他的尿路刺激症状，检查尿常规白细胞升高，尿培养可见病原微生物感染。膀胱结石、尿道结石，会因为堵塞尿道而出现阴茎部位疼痛，一般会合并有尿频、尿急、尿不尽，有时会有肉眼血尿，泌尿系彩超可见结石。另外，尿道狭窄也可能会出现排尿时阴茎部位疼痛，可以伴有尿线变细、排尿困难，通过尿道镜检查可以明确尿道狭窄的部位。