小便阴茎痛，如果明确是下尿路感染，引起尿道肿胀导致的阴茎疼痛，则建议在医师指导下应用呋喃妥因、左氧氟沙星胶囊抗炎治疗。如果是由于下尿路梗阻导致阴茎端尿道堵塞，引起的阴茎疼痛，需要手术治疗，服药效果治疗效果不佳。如果是由于前列腺增生，或者前列腺钙化压迫尿道引起的阴茎疼痛，则应当通过手术的方法治疗这类前列腺疾病。做泌尿系统超声检查和尿常规检查明确具体病因，积极给予治疗。期间建议多饮水，保持尿路通畅。