小檗碱跟头孢药物的功效是不一样的。虽然这两种药物都有抗菌的作用，但是小檗碱对细菌只有微弱的抑菌作用，不过其对大肠杆菌，还有痢疾杆菌的抑制作用较强，所以对这类肠道感染性的胃肠炎疾病治疗的效果很好。而头孢类的药物有较强的杀菌作用，是一类广谱半合成的抗生素药物，对多种的革兰阳性菌、革兰阴性菌等，均有明显的抑菌抗菌作用。可用于敏感菌所致的肺炎、菌血症、脑膜炎、呼吸系统感染、胆系感染、尿路感染以及其他组织器官感染等疾病的治疗。