病原体感染有可能会引起阴茎流黄脓的现象。阴茎流黄脓可能是因为包皮龟头炎以及尿道炎引起的，当患有比较严重的包皮龟头炎，细菌或者是病原体感染了包皮以及龟头，使的它们的表面发生溃疡，炎症渗出，形成黄色的脓液，这种情况就需要针对性的进行抗炎治疗，包皮龟头炎得到有效的治疗以后，阴茎流黄脓的现象就会好转。如果是男性有不洁的性生活史，被淋球菌感染了，很有可能尿道口会流黄色的脓液，到医院去检查往往是发现革兰氏阴性双球菌。这时可以给予相应的抗生素治疗，淋病才会得到治愈，尿道口流黄脓的现象也会消失。