早晨吐痰是咖啡色，需要根据具体病情来进行判断。可能是由于患者出现严重肺炎、肺结核、支气管扩张症、肺肿瘤占位性疾病等病变引起的症状，需要及时进行血分析等相关化验检查，胸部X线片或者胸部CT等辅助检查来明确诊断。如果患者出现呕吐物咳痰吐出来咖啡色的分泌物，不排除有少量上消化道出血，在呕出时与痰液混合引起的颜色改变。尤其既往有上消化道疾病的患者，出现上消化道出血的可能性比较大，需要及时进行胃镜检查来明确疾病的诊断。