复方枸橼酸铋钾甲硝唑胶囊的不良反应尚不清楚，如果患者服药时有副作用，必须及时治疗。副作用与用药目的无关，在治疗量下与防治效果同步出现，一般不会很严重。这是由于药理作用选择性低，关联很多效应器官，当一种效应被用于治疗时，其他效应就变成了副作用。服用此药时，口腔可能会带有臭鸡蛋或蔬菜的味道，舌苔呈灰黑色。不过不用担心，停药后会消失，少数病人还会出现恶心和便秘。