龟头流黄水小便有点疼可能是尿道炎所引起。可提取局部的分泌物进行分泌物涂片培养以及尿常规检查进行明确诊断。如果确诊存在淋菌或者是非淋菌性的尿道炎，应及时地进行抗菌治疗，主要是以头孢菌素类或大环内酯类的抗菌药物进行治疗，治疗周期为2~3周左右，也可配合使用三金片、热淋清胶囊等改善排尿不适的症状，减轻患者的痛苦。在治疗的过程当中，患者一定要禁止性生活、多注意休息、清淡饮食、大量饮水、多排尿，都有助于尿道炎疾病的康复。