小便刺痛龟头流脓，可能是尿道炎、性传播疾病、前列腺炎等原因导致的。1.尿道炎。临床上，尿道炎有急性尿道炎、淋菌性尿道炎两种，两种尿道炎的主要症状均为尿路刺激，表现为小便刺痛感，发展到一定程度时，龟头会流脓。2.性传播疾病。高风险性生活，很容易传播淋球菌、奈瑟菌等，这些病菌产生的毒素会导致龟头红肿流脓，小便时产生疼痛感。3.前列腺炎。前列腺部位有15~30条导管，有着很强的分泌功能，但是管道很狭窄，很容易引起充血和分泌物淤积，让局部出现炎症，小便的时候少量尿液会逆流，形成刺激，产生痛感。