小便后疼痛多考虑可能为泌尿系统感染所引起。常见于尿道炎，由于受到细菌或病毒感染，容易造成泌尿系统上皮细胞破损，甚至产生充血、水肿，就会在排尿后出现疼痛症状。同时还可伴有尿频、尿急以及尿道烧灼感。也可能为泌尿系外伤所引起。比如阴茎受到外力挤压或者受到外力打击，造成阴茎局部挫伤，也可引起小便后疼痛。另外，还可能为泌尿系结石所引起。部分较小的结石可能会伴随身体的活动而移动，在结石移动的过程当中，很容易对局部黏膜造成刺激，致使局部黏膜损伤，也会造成小便后疼痛。