小便时尿道口疼痛，绝大多数的情况是由于感染引起，少部分可能存在息肉、肉阜或者结石等，需要具体检查以后才能进一步明确。1.如果是感染引起，一般都伴有尿道口的红肿或者分泌物增多，或者擦拭时有少量出血等改变。这时需要进行尿常规化验检查，确诊感染以后需要抗感染治疗。2.可能有尿道口的结石、息肉等，这时不但可以出现疼痛，还可以伴有排尿堵塞感，或者伴有尿道外口滴血的现象。外观上可以直视下发现尿道口有息肉，或者有肉阜凸起。需要进一步进行尿道镜检查，或者进行局部的活检，必要时甚至需要进行手术切除。3.男性龟头炎、包皮炎等，可以造成小便时尿道口疼痛。外观上可见包皮长，伴有红肿，伴有包皮垢增多或者伴有局部黄色分泌物增多等。