牙龈上长小疙瘩的原因有：一、牙根面附着的牙结石感染骨质等引起肉芽组织增生，伴有脓液溢出造成牙龈肿胀凸起。二、牙冠部的深龋或隐裂等引起牙髓感染坏死，产生大量炎性分泌物，穿出根尖孔，积聚在黏膜下和骨膜下形成根尖周脓肿，有时引发瘘管形成，长期不愈合的瘘管内上皮组织覆盖形成窦道。三、牙根劈裂或发生侧穿时，深部形成细菌感染造成牙龈肿胀，形成脓包。四、牙齿邻面经常嵌塞食物纤维时，牙周组织红肿伴有肉芽组织形成。