月经后期出现咖啡色分泌物主要原因如下：1.恶性肿瘤。如果有些女性出现子宫内膜病变或是宫颈病变，在早期时就会有少量出血，并且存留在阴道内。当残存的血液从阴道排出时，也就会显现成咖啡色分泌物。2.妊娠因素。虽然女性怀孕期间最为明显的特征是月经停止，但对于宫外孕的患者，还会伴随出血症状，如果没有注意区分，很容易和月经进行混淆。所以月经后期如果出现咖啡色分泌物，不排除是宫外孕的可能。建议患者及时去当地医院进行血HCG，以及B超详细检查，这样才可以第一时间明确，是否是因为宫外孕而导致的异常。